导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的 剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个 普通FBI特别探员不 该进入的地方”搜 集需要的资料。本季发展 越来越精彩，一 些没有被完全改造的 混血外星人联合起 来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫 被移除，但今年却出现了 她的孩子——艾 蜜莉。今年制作 小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今 年也有一集喜剧。整出X档 案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接 近事实的真相。穆 德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷 宗。精彩剧情/对白：“萍，好事啊，多意 要是和你们家合作了，就能赚不少银 子了，你 也就终于能嫁出去了。咱们村里同龄的姑娘，就你没有着落了， 你们家也该要急急了 ，再过两年嫁不出去，就真的没法 嫁出去了，你们家的情况你 自己又不是不了解。”
“像是我们这样 门户家出来的姐， 与其想着嫁给他，还不如嫁给我。 我们马家矿山多，家里什么都有，也是不缺什么的。而且你不想想，我这个人吧， 虽然没有他长得这样的突出，但是胜在也不 错啊，而且还不会把姑娘 家的容貌比了去，这岂不是最好的选择？”
“当初定下分家的事情来的人，是你，可不 是我奶。这分家的事情 ，你这个家主还在，我奶她 一个妇道人家可是做不了主 的，如今推给我奶，难不成分家文书她逼着你写的？你今日休了她就可以这样 强硬的休了她，可 不像是那 等可以随意任人摆布的人。”
“现在盖都盖好了，我也就不管你了，那就这样吧，正好这段 时间不少人来家里追你哥哥要钱，我们在家里住着也不行， 整日都会被吵到，现在你这里有那么大的屋子， 就直接搬 过来你这里住，刚刚你人不在，屋子我们都已经选 好了。”
“而且我还和嘉叶 的爸爸去 了我娘家，当时我娘因为沈玉的事儿受了气，就开始借题发 挥责难我， 沈玉也跑出来跟我闹，结果你猜这 么着，顾伯伯居然为我了出头怒发冲冠，还把房门的门板 都踹倒了，我爹妈吓 坏了，要知道我那养父 从来不会这么为我…… ”
