导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情，原 来穆德受了骗，及 时发觉错误后和史考莉串 通好来骗政府高层，以潜入一 个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资 料。本季发展 越来越精彩，一些没有被完 全改造的混血外星人联 合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出 现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集 剧本。另 外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一 些角色及内容，“ 辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆 德再一次接近事实 的真相。穆德 前女友的出现也 对穆德与史考莉间的关 系做出重大考验。该季 结束于吸烟人 烧毁了所有X档案卷 宗。精彩剧情/对白：“皇上，世界上可能真的有延年益寿的药，但是你的身体，已 经走向了衰竭，过不了多 久的时间，就会死的。若 是那个时候，不管 是谁，都没有办法起死回生了。你真的还那么坚信吗？如今皇宫和朝堂一片的乌烟瘴 气，什么事情都不对劲了。”
“这次的任务，没有什么规矩，只要最后出来的 数量而已。玄乙门的比试，看起来自由，其实同样的，也给我们更大的难度了。我们不单 单要和猛兽斗，同样的，也 需要和人 斗。为了赢得比试，在山里，可能也会有内斗。玄乙门是世俗之外的 门派，但事实 上，不管是什 么，竞争都更为的激烈。”
“永恒皇朝的 皇室，可不是这么好被算计的。即便是走了你的路子，我不追究 了，那么日后呢，皇室其他人想要追究了呢，会是什么个后果，侍郎大人很清楚，他不过是在让顾青 及时止损罢了，嫁给那个混混，好歹保全一条命。”
“你爸是厂 长，我爸却只是厂里烧饭的伙夫 ；你妈妈优雅漂亮，有学问有品位，而我妈每 天就知道赌博，把我的学费 也给赌没 了；你出入可以坐你爸的车，而我永远只能站在汽车屁 股后吸尾气；你每天 可以穿着最时新的衣服，最漂亮的皮鞋，可是我一个冬天的衣服只有一件，一双破了 洞的布鞋……”
“我始终相信人之初性本恶，从得知我怀孕开始，我就发觉娇兰看我的眼神就变了，你可以认为我是在臆想，但我就是明明 白白感觉到了这一点，你试 想想，她曾经才是爸妈眼里的焦点，突然我变成了爸妈重点保护的对象，你 觉得她心理会平衡
