导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和 史考莉串通好来骗政 府高层，以潜入一个“作为 一个普通FBI特别探员 不该进入的地方”搜集需要的资料。本 季发展越来越精彩，一些没有被 完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年 却出现了她的孩子——艾蜜莉 。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串 写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影 的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪 加”组织的阴谋越来越明 显，穆德 再一次接近事实的真 相。穆德前女友 的出现也对穆德与史考莉 间的关系做出重大考 验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档 案卷宗。精彩剧情/对白：“以前舅舅在的时候，舅 舅教的，后来舅舅还带着 我跟一个老人家学了针灸。只不过我后 来有点傻，虽然知道 针灸，经常拿着自 己的练习，却不知道用医术 去给人瞧病。溺水之后，醒 来了，脑子好像也没有那么傻了，自然会 用了。”
“图纸所 能展示的 ，只是船只的样子 ，或者是船只的外形，我 相信左家的建造 厂是可以将船只的外形打造 出来的， 但是船只的核心，却是需 要我亲自做出 来。之所以那么严谨，也是因为核心不能泄露，若是泄露了，那么成也 萧何败萧何。”
“若是老乔家那 些人没有为难她，若是我们今日没有这样的日子，她 定然不会后悔，也不会祈 求什么原谅的。她其实依然没有后悔，也没有明 白什么，她只是觉得如今在老 乔家日子不好过，跟我才好过而已，她 选择的只是对自己有利的地方和事情。 ”
“听说戚家藏着大量 明清时期的古玩字画，样 样价值连城，解放前老爷子 还是银行家，为了不让这 些瑰宝外 流，不惜举家 之力保全， 当时受迫害的时候，也没能让他开口说出那些东西的下 落，现在日薄西山了 ，一直含着一口 气，就是在等继承人呢 ！咱家昊昊始终太小，难堪大任。”
“现在小尧都要结婚了，咱们也是到了做爷爷奶奶的年纪了，真没有想到时间会过得这么 快，分明像是昨天才刚 认识你，我记得很清楚，那 一年天很蓝，你在河边洗衣服， 红绳绑着辫子，穿着 蓝底白花的衣服，那双眼睛 好像能说 话，你捡到了我漂走的 衬衫，说：同 志，你的衣服……”
