导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季 的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错 误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的 地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩， 一些没有被完全改造的 混血外星 人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了 她的孩子— —艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻 小说家操笔，客串写出 两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配 合电影的上映，加入 了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋 越来越明显，穆德 再一次接 近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该 季结束于吸烟人烧毁了 所有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“顾多意，你个丑八怪，真是给脸不要脸，常山愿意给你妾室的 位置，那是他慈悲，这慈悲 ，你不要也罢，你还让他下不来台。难不成你还想要白 日做梦，觊觎那正室的位 置？常山是秀才，迟早要有 个一官半职的，怎么可能让你这种丑 八怪做正室 ？顾家，只有莹莹才能配得 上。”
“皇上会问你，多半是因为顾府的原 因。如今这些世家，苏家和刁家倒下了，京城的世家里面，便是大皇子派系的世家还有三皇 子派系的世家，都不如刁家 和苏家。而现在，我们顾 府呢，在京城算是可以和这些世家抗衡的存在。除了大皇子派 系的和三皇子派系的，皇 上自己的人，便只有我们顾府。帝王多喜欢用权衡之术，自然是不喜欢我们顾 府继续再独大下去的
“我们若是想要走，倒是也很简单，看到那个角落了吗？那边有 两个，那边有 三个，我 们只要想办 法把这几个看守的人给弄了，就可以从这里的缺口出 去。只是可能需要配合~ 配合的裙是也好找，刚刚我们给药的那 个部落，如今 对云族是彻底的死心了，也是想要逃走的， 只是实在没有 能力，只要 有机会，应该会愿意 掩护我们的。”
“户部尚 书，只有一子，后面 便再无所出了，倒是纳了不少的妻妾，也没有改变这点，多半的原因是户部尚书 自己是无法再生 了。这一子若是 正常人，他倒是也不必 这样着急和看重 ，就不好 就不好在，唯一的 这一子，是个傻儿。 ”
“你想要我说得多清楚？大哥，你去 外头打听打听，你想要 知道多清楚就有多清楚，你成天地里忙得脚不着地， 大嫂在杨屠夫家里进进出出，多少 眼睛看着啊，也就你当睁眼瞎，我回来有半年了， 为了这家， 为了那几 个孩子，我什么都没多说，可是我儿子来，你 媳妇儿张口就羞辱他，真当我们娘俩好欺负是不是？她能羞辱我儿子，我为啥 还要顾忌你们？”
