导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一 季的剧情，原来穆德受了 骗，及时发觉错误后和史 考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“ 作为一个普 通FBI特别探员不该 进入的地方”搜集需要 的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被 绑架时子宫被移除，但 今年却出现了她的 孩子——艾蜜莉。 今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客 串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加 ”组织的 阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。 该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“姐，太后娘娘奴婢还一直以为，她是一个眼里只有利益的 人呢，没想到，太后娘娘居然也有真性情的一面，这 样关心宴老夫人。起来， 就算是她与宴 老夫人年轻的时候情 同姐妹，如 今一个在宫里 ，一个在宫 外，感情也早就淡了吧？”
“在我这里，所有人都 要听我的，别 以为你娶了我，就能翻 身做大爷 ，就你这样 的泥腿子，还不够格，以为成了亲，你就是这里的爷？也不撒泡尿看看自己的德性？这里所有的一切，都 是我的嫁妆，只有我自己能做主，别人想要做主，那都是妄想，真不知道你们这些泥腿 子有没有脑子，又想要改变 自己的命 运，又不想要听话，可真是搞笑，想
“因为一些特殊原因吧， 导致我们俩姐妹从小就生疏，加上我爸妈觉得对她亏欠很多，从小事事都顺着她，她真是要啥有啥，脾气就一天 一天给养 成霸道自我的性格， 你也知道我这个性子，看不顺眼就 跟她吵，可是每 次我爸妈 都是站在她那一边，导致我们姐妹关系是一天比一天差，大了也不怎么说话，因为一开口就是争锋相对的吵架。
“我会小心的，平日我会送孩子去上学，也跟嘉叶和白鹃交代了，放学 回来，她们也会非常小心，自从出了野 狼出没的事情，家家户户 都很小心，老师们护送也格外 小心，就怕孩子们出事，吕叔不仅派社员跟着送孩子，还经常 派人进山寻找可 疑嫌犯，整个大队已经 加强了防范。”
“他伤着关你屁事啊？你不是都跟他一刀两断了吗？为什么还要给他挡 拳头，你这个脑子有包的女人，是不是被伤一次还不够，还要以后 天天被伤？你说，你是不是有受虐症？是不是就喜欢被他这么伤害，体无完肤你才爽？如果没有，你为啥要给他挡拳头？是不是 你心里还有他？说说 说！”
