导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上 一季的剧情，原来穆 德受了骗，及时发 觉错误后和史 考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通 FBI特别探员不该进入的地方”搜 集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没 有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。 史考莉被绑架时子 宫被移除， 但今年却出现 了她的孩子——艾蜜 莉。今年制作小组甚至找了两位知 名科幻小说家操笔，客串写出两 集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的 上映，加 入了一些角 色及内容，“辛 迪加”组织的阴谋越来越明显， 穆德再一次接近事实 的真相。穆德前女友的出现也对穆德 与史考莉间的关系做出 重大考验。该季结束于 吸烟人烧毁了所有X档案卷宗 。精彩剧情/对白：“一品夫人，乃 是女子最高诰命。他人都是凭借自己的夫君或者是子孙得 到诰命，你凭借自己 得到的诰命，更是意义非凡。你 一品夫人， 右相乃是一品大臣。你们之间，倒是身 份上，还刚好合适。右相还没有你这能耐呢，起来，右相高攀 了！”
“你们去白澜的事情等白澜太子离开的时候再，另外白澜太子查的事情，你们也可以跟着一 起查。还有就是顾府外面的精兵，既然原本就是想 要保护你们的， 精兵就在放在那里。你们顾府的人都可以自由的出入，和以前一样。只是传递消息的人不知道在暗处还想做什么，有他 们护着也安全点。”
“是，陆轻寒的生母，乃 是白澜的灵公主，让一个公主做妾室你做正室，这样的事情不过去，所以你肯 定是要休的。但是你也 放心，灵公主已经不在了，你就算不是大夫人了，这中馈还 是一样你来管，你的权利和一切都和以前一 样，只是名分变了而已 。”
“当初杀死灵公主的人，是苏季同，血 债血偿，他已经偿命了，那么灵公主的死，也就一笔勾销了。 你们苏家其他人，的确是没有参与到这 件事情来，这事情也算不到你们头上，本太子也就不 追究了，也算是给地下的灵公主集福了。”
“骨头汤的事情已经答应了，但是就是让她回来帮忙 的事情，一直还没有定下来 ，这件事情，也是有些 犯难的，毕竟她已 经和离了，而且还是打定了主意的，什么都不愿意以回头，而且 那个府邸外面不少护卫，每次还没有怎么，就会被发现，然后让我们走开，我们也实在是很犯难，实在 是没有办法。”
