导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的 剧情，原来穆德受了 骗，及时发觉 错误后和史考莉串通好来骗政府 高层，以 潜入一个“作 为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要 的资料。本季发展越来越 精彩，一些没有被完全 改造的混血 外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今 年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两 位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧 。整出X档案为了 配合电影的上映，加入 了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的 出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于 吸烟人烧毁了所有X 档案卷宗。精彩剧情/对白：“臣想着，臣的媳妇会比 较想要什么，想了许久，她应该想要她娘好，她娘是被她爹休了出来的，他爹娶了娘。 这些年呢，她娘遭受的风 言风语不少，如今日子虽然好过了，但总归 是被休了出来的。臣 就想着，要么给我媳妇的娘要个诰命夫人吧 ，品阶最低的那种 就好了。”
“孩子她娘呢，身体不好， 要是再生，那孩子她娘就要 没了。我何志远不能让自己的女人因为 孩子的事情，就没了吧？所以我们只要了萍一 个女儿，咱们那个村啊， 地方，没了儿子，那就是没了养老，下半辈 子啊，活的凄凉呢。”
“咱阿意 姐这办法好啊，你要是这样的话，我们阴府也不是什么不好的人家，肯 定也是乐意的是吧 ？而且阿斯 少爷如今扩展了那么多的事情，正好手里也缺人做呢，金家那么多人，倒是 正好办事，就是金家那些 人实在是难管了些，还 是得要我们两个老家伙多用用心啊。”
“那么可能是云 族有什么意图才会如茨， 云族乃是这一大块里面最大的部 落，占据了最好的地势，族人足足有两三万，虽 然此前云族一直都是在凭自己的实 力去发展的。但是这并不代表云族 的某个首领野心来了，然后想要对 我们做什么。”
“她倒是有心了，而且是煞费苦心 。那两个人，若是不得到一点教训，将来 必然也会出事， 定然是没有好日子过的人，但是经过这次的教训，没准日后还能好好过日子，这辈子 也算是正过来了。敢直接这么做 ，他们是以为自己拿捏住了人，殊不知，他们压根拿 捏不了，不是什么人他们都可以 拿捏的。”
