导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府 高层，以潜 入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全 改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫 被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今 年制作小组甚至 找了两位知名 科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另 外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电 影的上映，加入了一些角色及内容， “辛迪加”组织 的阴谋越来越明显，穆 德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对 穆德与史考莉间 的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“起来这事情也怪 您，大夫人好好的 ，你非要气走她，就算是那日不得已，您好好求求就是了，还非 要让人家走。本来有王家在，我们一家子最起码吃喝不愁，等时间久了，我们还是能有点发展的。现在好了， 大夫人不管我们了，王家也不管我们了，我 们就是真的要饿死的，那也是您逼死的。”
“我们烛阴门这么多年来， 一直都是最强的存在，这些门派不管是怎么争斗 ，总归是避开我们烛阴门的，也和我们烛阴门 没有关系。但 是没有想到 ，那么长的时间过去了，竟 然有人开始纯纯欲动了，对我们烛 阴门打起了主意来。”
“娘的没有错，爹你未免太急功近利了吧，这才那里到那里的 事情，你就觉得相公不行了，当初年纪轻轻，相公就考上 秀才了，这可不是老二 能做到的事情 ，如今不过是他顺风顺水 了一些，相公倒 霉，把卷子脏污了 而已，还不是怪家里没有准备齐全东西，要是准备了雨伞，那何至于啊？”
“网上骂秦盛天 的人不是我请的水军，是 看到对自己亲生骨肉下手的正常人都会有的反应。至于证监 会对于秦氏的调查，要不是 秦氏内部 的账千疮百孔，也不会 出这么大的问题，我对秦氏已经无能为力了。要 是你想找罪魁祸首，那就秦盛天。你不应该骂我，应该骂他去。最后，在我妈妈被秦盛天逼死的时候，我就觉得自己是孤儿了，天下千千万姓秦的人，我只是其中之一 而已，并不是和你们秦家有什么关系。省省心 ，与其在这里逼我做什么，不如回去好好想想，你 们那种账被查 清楚了，秦氏破产之后，你们要怎么活下
“我考试第一名，你在照顾妹妹 ；我故意考砸了， 你在抱着 妹妹在讨论要吃什么 ；妹妹贪玩摔了膝盖，你第 一个骂的就 是我……我那时候就在想，为什么妹妹要出生？我想念从前只有我们一家三口的时光，我就是想让她消失一下下， 一下下就好……”
