导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了 骗，及时发觉错误后和史考莉串 通好来骗政府高层，以潜入一个“ 作为一个普通F BI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被 绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至 找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另 外今年也 有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明 显，穆德再一次接近事 实的真相。 穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于 吸烟人烧毁了所有X档 案卷宗。精彩剧情/对白：“诺维格瑞的潜力远超黑海鸥岛，这里有的是 他们施展的空间，我们计划的第 一步，就是在城 市东南区，靠近河流下风口 的位置，建立第一个 集钢铁锻造、木材加工、基础机械部件制造的复合工业区，代号‘铁砧基地’，选址图已经交给席安娜了。”
“为什么不敢呢？这 里是大炎，他们 是大炎人，在这里，他们不管 做什么，只要在自己 的职责内，都是可以的呀，剑赵太子怎么会觉得他 们不敢呢？比如，一声令下，他们自然是按命令行 事的。还是剑赵太子觉得， 他们按命令行事，是 会有什么后果吗？”
“大炎所有的医馆和药铺， 都只能卖本公主的药膏，已经垄断了，但是为什么，一直到现在，那么长 的时间过去了，一个多月的时间， 再没有药铺继续进货？就等同于，本公主就跟你们做了一锤子买卖？ 而且这一锤子买卖还不 多是嘛？”
“家里如果有进项，有银子 ，有田地，又可以盖房子了，何必还去忍受一 个这样的人呢？先不体面不体面的 事情，就光是礼貌就不行， 在你们家做客，好歹是客 人，的这些也是为了她好， 结果我们没有教养，这样的媳妇，你觉 得你还有将来吗？”
“你不懂事？你比我年 纪都大一岁，那 个年纪在乡下啥活都会干了，大安小茹四五岁就开始做家务，养鸡养鸭养兔子，一放学就去割兔草， 夏收秋收的 时候跟着大人去田里帮忙， 你特么的都八岁了，你跟我说 你不懂事？你就是单纯的 坏，我不想原谅 你，你现 在就给我滚，永远滚出我的视线！”
