导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史 考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探 员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来 越精彩，一些没有 被完全改造的混血外星人 联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫 被移除，但今年却出现了她 的孩子——艾 蜜莉。今年制 作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客 串写出两集剧本。另外今年也有 一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映 ，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明 显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆 德与史考莉间 的关系做 出重大考验。该季结束于 吸烟人烧毁了所 有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“那顾老三啊，拿刀把他老娘给砍了， 这会儿出了不少的 血呢，青田村 的大夫了 ，他没法治，除非去城里治，但是老杨氏那伤口 实在是可 怕，真要抬去县 城，只怕早就血流尽人 不行了。我想着啊，老宅的人肯定要找你，先来告诉你一声，你好有个准备，到时候找上门了，真不治，倒是对你不好。”
“多意似乎，有很多记忆 ，都是一个空 白的状态。“白夜自己的猜测 ：“早先我 找她商量厉县的 事情，她竟然问我厉县是那里，就好像是突然她 的脑子里没有厉县的存在一般。她是逗我的，大约是有想起来了。那日 我还?没有觉得有什么问题，今日道长意的事情，她又是一 样的状态，似乎真的不记得 这个事情了
“当初会掉入悬崖，不单 单是因为别人暗 算了，也有一部分原因 ，是当初在采摘那珠药 材的时候，毒发了，我的大脑一片空白才会一 头栽进去悬崖。掉 下悬崖之后，有片刻我是醒来的，感觉到有 人在旁边，她用锋利的石头片，划的我的脸，但是当时，我没有办法睁开眼睛，并不知
“九层塔，层层不同， 而每一层的考核，都在淘汰不适合进 入玄乙门的人。贪嗔痴也 好，胆懦弱也罢，都是他们的缺点。而你这 样，直接将他这些本是要被 淘汰的人带着，你不怕 这也许是在害他们吗？既没有足够的 能力，还要进入玄乙门。”
“虽然这些 人乃是供奉我们 阴府的人，但是 如今阴府 这样的光景，也没有办法 一个个保 住那么多的 人。当初我们阴府风光的时候他们选了我们， 也算是得了一段时间的好处，后来阴府不行了，他们被欺负， 这也只能怪自己当初的选择 错了，总是要为自己的选择承担一些责 任的。”
