导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发 觉错误后和史考莉串通好来骗政府高 层，以潜入一 个“作为 一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史 考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至 找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有 一集喜剧。 整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角 色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事 实的真相。穆德前女友的 出现也对穆德与史考 莉间的关系做出重大考验 。该季结束于 吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“如今我大伯一家没有回来，我爹是不能成事的，我爷奶那样，只能我来主持家里了，你们放心吧，我 会拉着一点我爷的。年礼的好意，我们也心 领了。只是如 今我能拦着，等我大伯回来了，可能就拦不住他们了。你们到时 候，也好好的 想想办法吧，我帮不上什么。”
“依着这样的进度，不需要很长的时间了，大半个 月的时间 便可以直接开采完，晶石 矿山开采完之 后，便成为一座 空山了，我的意 思是，直接让它倒塌了，随后旁边两座矿山，便可以 依法炮制 的开采，左右不浪费所有的资源，不是吗？”
“既然这个酒不能喝，别的 事情你应 该可以帮我一点吧？你们现在 买的这个铺子，我有同窗也是喜欢的，就想着呢，让你们把这个铺子转 卖了，也不会让你们亏本，在你们原本买铺子的银子基础 上，我再给你们 加一点， 你看可以吗？”
“陆慎，我知道你的用意，我也知道你这么做从利益角度考量没有任何问题，甚至能 获得很多，你天生就有经商的头脑，我不会拿这个苛责你。但是 我今天特地飞回来，特地要找你，只是想告诉你，你一定 要想清楚，你做的每个决定 ，会付出什
“我要离开，一开 始和陆慎无关，是组织本身，是你 母亲的死，压迫着我，让我不堪重负想要逃离，你永远都无法想 象，那几天的我，只要一闭上 眼睛，就是你母亲跟我说的那一句‘快走，秦溪’， 后来遇到 陆慎，不过是给我离开组织 多了一个理由罢了。 战深，我不跟你在一起不是因为有了陆慎，而是我不爱你。我不 愿意回组织不是因为 陆慎，而是我对于组织本身 已经不能忍受。”
