导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗， 及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层， 以潜入一个“作 为一个普 通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要 的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人 联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉 被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的 孩子——艾蜜莉。今年制作 小组甚至找了 两位知名科幻小说家操笔，客串写 出两集剧本。另外 今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的 上映，加入了一些角色及内容，“辛迪 加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事 实的真相。穆 德前女友的出现也对穆德与史考 莉间的关系做出重大 考验。该季 结束于吸烟人烧毁了所 有X档案卷 宗。精彩剧情/对白：“何杏花的事情，可大可，若是你何 叔真了要怎么处罚 ，何家村的裙是会不高兴了，觉得何家和咱家结亲之 后，就猖狂了 ，反而会担心以后他们的处 境。你何叔如 今算了，何家村的人心里才有这么个事情 呢，都担心日后自己家的亲事也会被搅黄，都防着何杏花呢。”
“你们别瞧着如今祁家人一 副可怜的样子，他们可一点不可怜。早先我糊涂，一心喜欢 祁哥，向着祁家人， 他们祁家人没少 在我梦家人面前作威作福，父亲与母亲 还有大哥，都被欺负着呢，如今我们梦家不为难他们，但也不会 被他们欺负了
“对啊，蒋玉的不错，你若是愿意嫁到蒋家 来，我们蒋家可以和你一同养着宁家人，或者 是宁家人不愿意在蒋 府也可以，蒋家可以帮着 买院子这些， 日后在京城多有照顾不是？而且就算是你 们要回去村子里也行，让蒋玉跟着去便是了，蒋玉在村子里待一 段时间，你们在蒋家待一段时间。”
“一开始姚敏还以 为是自己哪里 做的不够好，极尽所能去讨好 他，但是无论她怎么努力，都不可能挽回已经不在这里的一 颗心。她 再迟钝，也知道秦盛天一定是外面 有人了，但 是姚敏从小被 教养要做一个宜室宜 家的女人，失去了丈夫的 心，她便只能把所有的心思花在养育女儿身上，祈求那 天秦盛天能够回心转意，重新回归家庭。”
“我什么我？本来大家的 日子都太太平平的 ，你家妹子三 番两次闹出事情来，把 家都给搅散了，现在男人要 跟她离婚，你去问他们夫妻俩啊，来找我们寻什么麻烦？还砸 店铺，打人， 我告诉你，今天这些事你 不赔钱不道歉， 事情就过不去！”
