导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季 的剧情，原来穆德受了骗， 及时发觉错误后和史考莉 串通好来骗政府高层，以潜 入一个“作为一个普通FBI特别探员不该 进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精 彩，一些没有 被完全改造的混血外星人联合起 来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。 今年制作小组甚至找 了两位知名科幻 小说家操笔，客串写出两 集剧本。另外今年也有一 集喜剧。整出X档案 为了配合电影的上映，加入 了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出 重大考验。该季结束于吸烟人 烧毁了所有X档案卷宗 。精彩剧情/对白：“是这样的 ，有这么一个铺子 ，在南河大街，很适合你的要求，但是呢，这卖铺子的人要求 买的人能治好他母亲的 怪病，治好了，这铺子就是诊费。我想着你的医术，便干脆让你试试了，铺子很好， 若能治好还能少了一笔银钱 。”
“金菱门掌门前 来，如今 世外门派发生了 一些事情，金菱门乃至 其他的门派，皆有不少弟子失 踪。云顶之上倒是没有弟 子出事，让你们过来，便是想要问问，你们分派的弟子 ，是否有失踪的，失踪的数 量是多少，他们都是做什么 任务，在 那里做任务失踪的？”
“别提了，这个张意也不知 道什么德行，和以前是 完全不一样了，以前倒是还好话， 现在倒是好了，一幅油 盐不进的样子， 都提到量儿了，还是 半点不给面子 ，也不知道是怎么回事，你，这短短的时间里，一个饶变化怎么就会有那么大的？”
“为什么？我也是顾 家小姐啊，家世一点都不比崔家差 ，更不比窦 家差，为 什么金浩哥总爱跟三姐玩，不跟我玩，我不懂，难道就是因为我从小流落乡下 ，沾染了一身乡下人的气息吗？可这些也不是我能选择的啊，都是爸 爸，是爸爸的错……”
“我不喜欢别人欠我的 ，她曾经做过什么，她心里清楚，我 心里更清楚，你回去 告诉我的姐姐，用她的余生好 好向我忏悔吧 ！我要她 一辈子背负罪名，背负沉重，向我还债，如果你非要问我这样 做开心吗？嗯，我不开心，因为她，我失去了 快乐的能力，可是看着她轻松快乐地活着，我 会比任何人都要感到痛苦。”
