导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗， 及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层， 以潜入一个 “作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方 ”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一 些没有被完全改造 的混血外星人联合起来 抵抗殖民阴谋。史考莉被 绑架时子宫被移 除，但今年 却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组 甚至找了两位知名 科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外 今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电 影的上映，加入了一些角色及内容，“辛 迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女 友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该 季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“但是你千不该万不 该来攀扯我， 我顾多意以前是不甘心，当初与王常山有婚约，他们王家违背约 定，跑去和你订婚了，但是我顾多意早就在你 们逼我落水之后清醒了。他王家违背约定， 是他王家 背信弃义，和我顾 多意无关，既然退了亲，我顾多意和你 们也就再没有 瓜葛了。”
“德盛，你去安排，将原先赏赐给这一 家饶宅院没收了，然后再给他们找一处的宅院，给 他们吃喝，让他们都能活着，多的就不要给了，另外安排 监军，一直看守着他们，免得什么 时候被人接走 了。切记，让这些监军不要为难他们一家，否则后果 他们自己 都承担不起。”
“阿意姐，我与你的自然就是帮我们王家的事情 ，如今王家的矿山正是需要人帮忙的时候。如今该给的诚意，我也给了，阿意姐若是还有什么要求，尽管提便是，我们王家能满足你的，都会满足你。倒是矿 山的事情事不宜迟，希望阿 意姐早日跟着我前去解决了 。”
“我现在就是 写字有些不 好看，还在练，但是读书的内容，以前时候我每都在村里的学堂偷听的，都知道一些，后来在酒楼 做杂工，也是 有在看书，先生底子还不错，可以去试试的，今 年下场，并不是今年就要考上什么，而是让我 先去试试，习惯一下，等明年，只要我还像现在一样认真读书，肯定能考上的。”
“这么多年， 以前是被我们窝囊大哥的厉害媳妇压着，现在又轮到他们的儿子都能管着我们了。二哥，你不觉得我们过得憋屈 的很吗？每个月只能眼巴巴盼着陆 慎给分红，要 是他不分了， 我们就都得喝西北风去！这种日子，你没过够， 我也觉得够了！
