导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情， 原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史 考莉串通好来骗政府高层， 以潜入一个“作为一个普 通FBI特别探员不该进入的地方” 搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来 抵抗殖民阴谋。史 考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客 串写出两集剧本。另外今年也有 一集喜剧。整出X档案为了 配合电影的上映，加入了 一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋 越来越明显，穆 德再一次接近 事实的真相。穆 德前女友的出现 也对穆德与史 考莉间的关系做出重大 考验。该季结束于吸烟人 烧毁了所有X档精彩剧情/对白：“多意，你怎么好端赌选择 去药门呢！那 个白苏，一直就瞧 着你不顺眼，把你当仇人 一样对待。你再看看那个安然，和她就是一伙的，她瞧 着你的目光也不 善，只怕 你去了药门，那些人都要针对你的。那个药门掌门也是，自己的弟子对别人有仇，他还做主让他们到一起，这不是 想要让人打起来吗？”
“侍郎大人放心，本 宫娶多意呢，娶的是正妃，将来皇子府 的中馈都是交给她来管的， 即便是她不管 ，可以交给她自己的人来管，断然没有 谁能欺负她什么。至 于其他地方，本宫都可以答应你，是会好好打点好的，不会让 她吃亏也不会让她出事的。”
“我的脑海 里，总是出现这个画面。仔 细想来，好像黑土部落原本没有那么强的实力 的，后来搜刮 到不少的东西，都是大 族才有的。之前我只想着，可能是换来的， 可是现在细细 的想来，总觉得这件事情和云族有什么牵扯似的。”
“没什么好见 的，他们会酿果酒便行了 ，需要他们做的事情也不多 ，也无非 是会酿果 酒这一样而已， 等原地番邦并入我们了，会 酿果酒的事情，也 实在不算什么事情了，我们国家，会酿的可不不少。如今也没 有必要浪费给他们什么赏赐。”
“就说秦富余，自小就过得比一般孩子好 ，那可都是阿铮为了挣钱，跑去山头帮人 排雷赚的血汗钱，他用血汗钱贴补着那个没良心的亲娘，可是现在这个弟弟呢，反过来欺负他的媳妇和孩子，这还有天理吗？一群丧良 心的畜生
