导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及 时发觉错误后和 史考莉串通好来骗政府高层，以 潜入一个“作为一个普通 FBI特别探员不该进入的地方”搜集需 要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全 改造的混血外星人 联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今 年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了 两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集 剧本。另外今年也有一集喜剧。整出 X档案为了配合电影的 上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来 越明显，穆德 再一次接近事实的真相。穆 德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该 季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“如今我们家 今非昔比了，在 归善的村的时候，那 些人想要娶青青，为的是娶 了青青之后，就能一飞冲，过上富 贵的日子。而在京城，他们 虽然不需要这些，但是因为顾 家的原因，他们需 要联姻，必然会打青青的主意。我想早些做好打算，免 得将来太过于 被动和无可奈何。”
“皇上不管事，只是他的名头咱们可以拿来用用，至 于怎么用呢，我得再想想。这件事情呢，你也不必多害怕，也不要不敢 。只是，不要特 意去宣扬，你家里 ，是可以通气的，但也要告诫好，不要让家里人随便出去炫耀，否则好事就变成不好的事
“当初会掉入悬崖，不单单是因为别人暗 算了，也有一部分原因，是当初在采摘那珠药材的时候，毒发了，我的大脑一片空白才会一头栽进去悬崖。掉下悬崖之后，有 片刻我是醒 来的，感觉到有人在旁边，她用锋利的石 头片，划的我的脸，但是当时，我没有办法睁开眼睛，并不知道是谁。”
“我不会办事？这县太爷前来恭贺 我，我留县 太爷吃饭，这家里没个长辈 ，便让村长 来帮个忙，一起陪陪县太爷， 这有什么问题？你们不请自来，我已经看在同村，你又是我爹的份上，留了 你们吃饭， 这期间，该你们吃的，也没有少你们的，怎么就有意见了 ，东西也吃了，吃完了，就不成了？
“没多久 ，就发生了娇娇偷穿旗袍出去显摆的事情，被人抓了尾巴，爸妈接连出事 ，先后住院，我就请假去医院照顾她，回家给爸妈炖鸡汤补身体，当时我记得就只有我和娇兰在家，我 从楼上换好衣服下 楼准备送鸡 汤去医院，结果就在下楼的时候滑了一跤滚下了楼……”
