导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府 高层，以潜入一个 “作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星 人联合起来 抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但 今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小 组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜 剧。整出X档案为了配合电影的上映，加 入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的 出现也对穆德与史考莉间的关系做出 重大考验。该季结束 于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“她们为难不着我，若是从前那位侍郎大姐 ，恐怕是真的会被吃 的骨头都不剩，如今 是我，不过是顺便解决她们罢了。那位侍郎大姐这些年过得苦，我答应报仇，却 不想她们那么容易就死了，自然是要让她们也一样的 体会体会侍郎大姐这些年受过的苦了。”
“是这样的，我们云族 呢，也发现今年的气有异变，冬可能会提前 来两个月，甚至冬会延长。若是这样的话，恐怕很多部落的日子并不好过，我们云族还有不少 可以空出来的山洞还有一些可以避寒的物资。首领便让我们前来，通知，你们部落可以带着所有人，去云族避寒。”
“乔木他受伤了，很严重，想要吊着命，一要五两银子 ，我们那里 有五两银子啊， 乔木没有分家，以前他爹娘挣的银子全部在公中，他也 是一样，但凡是赚了一点 ，就要给乔家，如今 他不行了，你们没有时间 去看看他，最起码也要给点银子吧？之前你们来家里要卖酒的银子，我们是真 的没有收到银子这才没 有给的。”
“若是老乔家那些人没有为难她，若是我们今 日没有这样的日子，她 定然不会后悔，也不会 祈求什么原谅的。她 其实依然没 有后悔，也没有明白什么，她只是觉得如 今在老乔家日子不好过，跟我才好过而 已，她选择的只是对自己有利的地方和事情。”
“战深，不对就是不对，即使你做对了九十九件事，但唯一错的那一件 事不会因为你曾经做过正确的事 情而消失。组织的 确收容了很多孤儿，也将他们抚养长大，从来没有抛弃放弃 过任何一个孩子，但这就能掩盖你伤害、他们禁锢的事实吗？”
