导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧 情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史 考莉串通好来骗政府高层，以 潜入一个“作为一个普 通FBI 特别探员不该进入的 地方”搜集 需要的资料。本季发展越来越 精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合 起来抵抗殖民阴谋 。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。 今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔， 客串写出两集剧本。另 外今年也有一集喜剧 。整出X档案为了配 合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加” 组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前 女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟 人烧毁了所有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“反正阴家的事情玄乎的很 ，外头都在，金 家不详，才会害了阴府也不好。但是我阿爹好像不是这么 认为的，他觉得这背后少不得这位阴家姐做了什 么事情。六年的时间， 谁知道发生了什么 事情啊，他阴府突 然之间局势这样扭 转了，反 正这位阴家的姐，不 是什么简单人。”
“这些年，的确是我不好，因为喜欢 柳生，巴不得要嫁给他，让家里拿着银钱去哄他，让咱们家好好的日子 过成这样了。如今我已经 醒悟了，不该这样了。奶 ，正因为你心疼好，我 才更要和你一起， 把这头家，好好的顾好。婶子不是 空穴来风，婶子是真的委 屈了，才会这样的”
“按理来，咱们日后都要成亲了 ，那是一家人，你用我的理所当然，我用你的 理所当然。但是，谁让你是囡囡呢，你用我的理所当然，我若是用你的，将来我考 取了功名之后，自然是要 加倍偿还的 ，日后赚的所有银子，都是你的！”
“大概半小时之前， 患者忽然暴起，打伤了我们医院的好几个保安，连带着 你们自己带来 的守卫也被他伤了好几个，最后还是 医生拼死给他打了镇 定剂，他 才安静下来的。医生怕再出 什么事情，直接把 他送到了特护 病房，用镇定剂稳住他 。”
“这大舅也不单是 我们几家的大舅，那也是罗铮的亲大舅，沈柠见了也得乖乖叫一声舅 舅不是？罗家屋子多，住的地方宽敞，那沈玉还是沈柠的妹子，咱 们可以让大舅一家搬到罗家住去，赖吃混住， 平日催一催，总能把婚事给 敲定下来，何苦待在咱家瞎耽误那时间 ？”
