导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧情， 原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜 集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星 人联合起 来抵抗殖 民阴谋。史考莉被绑架时 子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。 今年制作小组甚至找了 两位知名 科幻小说家操笔，客 串写出两集剧本。另外 今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋 越来越明显，穆德再一 次接近事实的真 相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的 关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“他年纪不了，他娘也急着给他找个媳妇呢。婶子要是觉得不妥当，京城太 远了，这事情就罢了，日后总有合 适的。婶子若是瞧得上他，就可以给个话，咱们也先不急着定这个 事情，先去他们家瞧瞧，见见他 娘，见见他，都合意了，再让他们两话，妥当了，再定。”
“入梦茶， 虽是茶，但也算是治病救饶医术的一种。有很多的病人，被心病所扰，无 法解开自己心里的结，便会郁结在心，思绪混乱，永远都活在结下心结的那个时候。即便是症状轻者，也同样是经常被心结所困扰，郁郁而终。”
“真正的顾多意， 也就是顾钊和蒋玉的女儿，已经死 了，死在了顾家的庄子上，钱氏安 排的人追杀的。她在 弥留之际 遇到了我，她想要我完成一些事情，而 我需要一个身份过来永恒皇朝找轻寒，所以 我答应了她，用了她的身份在永恒皇朝。
“若是考虑到以后的话，那我们把今日挖的，明日先卖了， 然后便停下来，暂时先不 给酒楼供货了，明日若是再挖，便留一些 下来，我们自己来种植这个东西，家里没 有田地的话，也很简单，就暂时先种植在咱们的院子里，生姜和辣椒这个东西生长能力比较强，就算不是好的田地，只要 有土壤，用咱们的方法，就能生长的东西。”
“怎么办，还能怎么 办，想办 法啊。老二不乐意，再劝劝，劝不到， 那就没办法了，去借银子啊，总要凑到这五十两的，你娘家那里，去要一点，平日里你娘家那些人没少带着老大的名义收好处的，如今遇到事情了，也别想一毛不拔，该做什么还是得要做什 么，就是这么个事情。”
