导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧 情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来 骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特 别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些 没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。 史考莉被绑架时子宫被移除，但今年 却出现了她的孩子——艾蜜莉。今 年制作小 组甚至找了两位知 名科幻小说家操笔，客串写 出两集剧本。另外今年也有一集喜 剧。整出X档案为了 配合电影 的上映，加入了一些角 色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显 ，穆德再一次接近事实 的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出 重大考验。该季结束于 吸烟人烧毁了所有X 档案卷宗精彩剧情/对白：“我想去城里 开个铺子，专门卖这卤味。只是弄铺子的 话，我自己怕是忙不过来的，我想你和栓子要是愿意 的话，让你们来帮 我。栓子做个掌柜的，我一个月给一 两银子的工钱 ，店铺的利润和工钱挂钩， 我给栓子百分之五的 股份。还有荷花婶 子你，我想你去帮我 做卤味，之后还会请人在厨房，但是我想你帮我管着厨房，待遇和栓子一样。现在还不着急，你们考虑考虑，如果愿 意，到时 候告诉我。”
“大炎皇上，当初本公主与你谈生意的时候，诚意满满的，直接让你选两个人跟着本公主去玄乙们学 艺的。你应该知道，玄乙门是怎样的存在，可以去玄乙门是多么难得的机会。就你们大炎自己，就 算是你想，你能接触到玄乙门的人吗，你可以有办法将人安排进去玄乙门吗？”
“姐你误会了，不 是这个意思，梦府那里是您不能回来的。是姑爷 回来了，您过了玄 乙门的考核，要留在玄乙 门学艺，还不知道什么 时候回来呢。他没有过 考核，但是明年会 继续去考核，如今先回来给两家把一切打点好。所 以属下和老爷 夫人他们就都以 为你不回来了。”
“主人，也不单单是为了这个，蓝自己也不 知道为什么 ，就是感觉她好像和你有些渊源的样子，潜意识里， 觉得你是应该答应的，否则会错过什么。 但是具体的 ，蓝却是想不起来了。不知道只是感觉，还 是蓝是不是遗忘了一些记忆，睡了太久，什么都忘 记了。”
“王贤少爷，我不会考虑你的。而且如今阴府正在发展中，也并不打算考虑 成亲的事情。我们阴府素 来是女子 继承府邸的，我 日后自然是要 操心府邸的事情，可没有多余的精力管王家的事情。 日后阴府也会有上门 的男子为我传宗接代 的。”
