导演：金·曼纳斯
主演：大卫·杜楚尼 吉莲·安德森 米彻·佩勒吉 威廉·B·戴维斯 汤姆·布莱德伍德 迪恩·哈格鲁德 布鲁斯·哈伍德 约翰·芬
继续延续上一季的剧 情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串 通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该 进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时 子宫被移除，但今年却出现 了她的孩子— —艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两 位知名科幻 小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整 出X档案为了配合 电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越 来越明显 ，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考 莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。精彩剧情/对白：“顾多意，以前是我们不对，你能不 能大人不记人过，绕过我们一回。我愿意 付你诊金，你要多少都可 以，我慢慢攒，只求你能给我 看病！只要你愿意，我张武这辈子都记着你的 情，你要我帮什么，我 张武能做到的，也必然是会帮的！我只是想求求你，不是逼你，如果你不愿意，那就算了。
“若是如茨话，那么白澜是可以和咱们抗衡的， 他们的茶艺师早就已经悟出了茶道来，在制艺方面，比你熟悉，同样的入梦茶 ，他们是可 以更稳妥的，也很容易胜过你。 如今咱们骑射有十分， 医术赢了三十分，一起四十分，就算是茶艺 比试输了，也没有 什么大不聊
“姐你误会了，不是这个意思，梦府那里是您不能回来的。是姑爷 回来了，您过了玄乙门的考核，要留在玄乙门学艺， 还不知道什么时候回来呢。他没有过考核，但 是明年会继续去考核，如今先回来给两家把一切打点好。所以属下和老爷夫人他们就都 以为你不回来了
“这件事情的确是如此，大家都听过的，咱们县里来了一个神医， 在这边隐居，只是谁也不知 道他在那里而已。这些年来 ，偶尔还有贵人会来咱们 这呢，就是为了 找神医的。只是谁也没有找到就是，倒是没想到把你当徒 弟了，想来也是因为神医实在是无聊，正好你也是个懒的，显得没事 做，可不是找上你了吗。”
“是二嫂跟你说 的吧，我的天，顾嘉叶，你能不能不 要这么天真，别人说什么你就信什么 ，她是嫉妒我怀孕了，而她命薄福浅，好不容易怀一个又给她自 己给整没了，平日里闷不吭声的，现在想借着你的手来打击我 ，你怎么就想不明白呢？”
